L'alternativa a la transposició és la substitució. Es poden explorar quatre exemples de xifratge per substitució triant a la barra d'opcions del menú de l'esquerra.

El primer ús documentat de xifratge per substitució, amb propòsits militars, apareix en la guerra de les Gàl·lies de Juli Cèsar. Cèsar descriu com va enviar un missatge a Ciceró, que estava assetjat i a punt de rendir-se. La substitució va consistir a reemplaçar lletres romanes per lletres gregues, cosa que va fer el missatge inintel·ligible per a l'enemic.

Cèsar va descriure la dramàtica entrega del missatge: "Per si no pogués aproximar-se al campament, fou instruït perquè llancés una llança, amb una carta lligada al cinturó, al campament... Sentint el perill, el gal va disparar la llança com havia estat instruït. Per desgràcia, es va clavar en la torre i durant dos dies no va ser vista; al tercer dia un soldat se'n va adonar i la hi va donar a Ciceró. Ell la llegí a les tropes, cosa que els causà una gran joia".

Cèsar va usar l'escriptura secreta amb tanta freqüència que Valeri Probus escriví un tractat sencer sobre els seus xifratges, que desafortunadament no ha sobreviscut. Malgrat això, gràcies a De vita Caesarum, de Suetoni, escrita al segle II dC, tenim una descripció detallada d'un dels mètodes de xifratge de substitució utilitzat per Cèsar. Es pot veure com funciona a la pàgina següent