Introducció a Quarto

Joaquim Puig

Quarto, Markdown+Pandoc

Modificacions del format md estàndar: ‘xerrada.qmd’
Encara que ja es pot exportar, amb l’encapçalament definim com es renderitza el document per defecte:

---
title: "Introducció a Quarto"
author: Joaquim Puig
format: html
---

i aleshores quan ho renderitzem crearà ‘xerrada.html’.

quarto render xerrada.qmd

o bé de forma integrada i/o visual a RStudio, VSCode…

Generació de PDF

Generació de PDF/Latex ‘xerrada.pdf’

---
title: "Introducció a Quarto"
author: Joaquim Puig
format: pdf
---

usant PDF/Typst https://typst.app ‘xerrada.pdf’

---
title: "Introducció a Quarto"
author: Joaquim Puig
format: typst
---

Més control sobre LaTeX

A part d’usar ‘format: latex’ com a opció, també

---
title: "Introducció a Quarto"
author: Joaquim Puig
format:
  pdf:
    include-in-header:
      - text: |
          \usepackage{times}
    keep-tex: true
---

això ens crearà un fitxer ‘xerrada.tex’ que usarà el paquet times per a generar un ‘xerrada.pdf’. Podem També especificar macros, paquets locals, fitxers bibtex…

Generació de PPT/ODT

Per a presentacions, podem usar html a través de RevealJS com aquesta mateixa presentació ‘index.qmd’ o bé PowerPoint:

---
title: "Introducció a Quarto"
author: Joaquim Puig
format: pptx
---

i ens crearà ‘xerrada.pptx’. Les equacions no es visualitzen bé en LibreOffice 😞.

Generació de DOCX/ODT

MS Word: xerrada.docx

---
title: "Introducció a Quarto"
author: Joaquim Puig
format: docx
---

ODT: xerrada.odt

---
title: "Introducció a Quarto"
author: Joaquim Puig
format: odt
---

Templates per a articles

Caldrà que ens instal·lem una extensió per a articles:

$ quarto use template quarto-journals/plos

format ‘plos-docx’ o bé ‘plos-pdf’:

---
title: "PLOS template"
format:
  plos-docx:
(...)

Crearà un directori en un projecte amb:

Integració amb codi

Literate Programming (Programació lletrada?)

Integrar documentació i codi, veieu Wikipedia.
Ja implementat per Knuth (1987) a través de WEB.
En l’univers R, ja fou desenvoupat per Yihui Xie.
La meva opinió personal és que els càlculs forts convé fer-los a part de cara a la reproductibilitat i disponibilitat de dades (FAIR).
Podem usar l’opció ‘cache:true’ per no haver de tornar a córrer càlculs.

Literate programming: R

‘calculs-R.qmd’ exemple senzill.
‘literate-R.qmd’ exemple per analitzar notes.
En R podem usar directament RStudio.

---
title: "Literate Programming in R"
engine: R
---

Amb quarto podem generar un dashboard o plafó d’informació, com a ‘dashboard-R.qmd’ .

quarto render dashboard-R.qmd

Literate programming: Python

Veieu l’exemple ‘calculs-python.qmd’

---
title: "Literate programming"
jupyter: python3
---

i fem

quarto render calculs-python.qmd

Exemples:

Llibre de Javier Arántegui

Literate programming: Julia

---
title: "Usant Quarto amb Julia (quarto 1.5)"
engine: julia
---

Interactivitat en el client

Output interactiu amb R+htmlwidgets:

Exemples de htmlwidgets
Exercicis senzills amb webexercises
Versió per a Python: JupyterWidgets.

Observable permet fer càlculs al client.

Aplicacions interactives al navegador

Execució Client vs Servidor

Fins ara els exemples que hem vist permeten interactivitat en la visualització però no en els càlculs (excepte OJS).
Si es vol interactivitat (en R/Python/Julia) s’ha d’usar un servidor on es fan els càlculs, que es visualitzen interactivament en el client. A R s’usa ‘shiny’ i hi ha altres frameworks per a Python.
En els darrers mesos (o setmanes 🙈 …) hi ha hagut grans avenços en WASM: la possibilitat de compilar codi en R, Python o fins i tot Julia en el navegador.

Aplicacions interactives: R + WebR

Cal usar l’extensió ‘quarto-webr’.
‘webr’: WebR - R in the Browser implementa R al navegador.

$ quarto add coatless/quarto-webr

Exemples:

Versió en Python: Python + Pydiode

Molt similar: https://quarto.thecoatlessprofessor.com/pyodide/examples/readme